Le programme est complexe puisqu'il y a trois clients différents, chacun avec ses contraintes particulières. Le Conseil Régional veut un monument qui soit le symbole de la région, la SNCF une gare qui célèbre le TGV, train des temps modernes, et la Chambre de Commerce et d'Industrie de Lyon ne veut surtout pas que la nouvelle gare masque l'aéroport, auquel elle devra être reliée. C'est compter sans le quatrième mousquetaire, l'architecte lauréat Santiago Calatrava, qui tout en satisfaisant le programme demandé, va pouvoir exprimer là son propre tempérament. Cet architecte singulier, passionné par le mouvement et dont la double formation (Beaux-Arts en Espagne, et Polytechnique à Zurich ), lui permet de pousser au plus loin les forces mises en jeu dans la gare. Au final, l'architecture magnifie la structure et sublime le mouvement : le hall de la gare semble un gigantesque oiseau prêt à prendre son envol, et les quais de la gare sont comme une haie d'honneur d'hommes saluant le passage des TGV qui traversent la gare à 300 km/h en l'espace de quelques secondes.