Alex est cracheur de feu et dort sur le Pont-Neuf, fermé cet été-là pour travaux. Il y habite avec Hans, un vieux clochard qui lui fournit les précieuses ampoules de somnifère indispensables à son sommeil. Alex est attiré comme un aimant par ce pont, solide paquebot échoué au cœur de la capitale. Après avoir passé une nuit au centre d'hébergement de Nanterre, il retourne dans son repaire et trouve, installée à sa place, Michèle, endormie. Alex est aussitôt captivé par cette jeune femme entourée de mystère qui erre dans les rues avec son chat et un carton à dessins. Au matin, il apprend qu'une grave maladie des yeux la condamne à devenir aveugle...
 

Les amants du Pont-Neuf plonge dans le monde des sans-abri, que Leos Carax a côtoyé longuement pendant la préparation et le tournage. Mais le film dépasse largement la seule critique sociale pour se pencher avant tout sur les amours hallucinées et périlleuses d'un couple de clochards échoués sur le plus vieux pont de Paris. Les deux acteurs fétiches de Leos Carax, déjà amoureux tragiques dans Mauvais sang, se jettent dans cette relation improbable avec frénésie et brutalité. Denis Lavant campe un être sauvage, un saltimbanque qui court en boitant après ses chimères avec une sensualité sauvage. Juliette Binoche incarne une femme anéantie par un passé douloureux mais pleine d'une énergie vitale, qui, bien qu'elle ait touché le fond, l'aide à reprendre pied. La mise en scène somptueuse, qui a nécessité la reconstruction du Pont-Neuf et du quartier de la Samaritaine, offre un décor grandiose à ces vies de misère.