À quelques encâblures de la pyramide de Djoser, sur le mythique site de Saqqarah, les taureaux Apis furent inhumés, pendant plus d'un millénaire, dans l’immense nécropole souterraine du sérapéum. Sélectionnés par les prêtres de l’Égypte ancienne selon de rigoureux critères physiques puis apportés au grand temple de Memphis, ces bovins sacrés, sortes de divinités du quotidien, servaient d'intermédiaires entre les humains et l’intimidant dieu Ptah, vu comme l’un des créateurs du monde. À leur mort, leur corps était momifié et un trousseau funéraire digne des plus hauts dignitaires les accompagnait dans leur demeure éternelle. Découvert en 1850 par l'égyptologue français Auguste Mariette, le sérapéum, qui leur est dédié, abrite un trésor – vases canopes, bijoux, amulettes, statuettes… – dont une partie est conservée au Louvre. L’effondrement du plafond de l'une des galeries avait cependant empêché l’archéologue de s’aventurer dans l’intégralité de la nécropole. Plus de cent soixante-dix ans plus tard, les égyptologues du musée poursuivent l’entreprise de leur fameux prédécesseur. Au fil de deux campagnes successives de fouilles sur les extérieurs en surplomb du site, ils découvrent pléthore d’antiquités, vestiges de ce lieu sacré qu’évoquait déjà l’historien grec Strabon. Menant l'enquête sur le culte du taureau Apis et les rituels mystérieux qui l’entouraient, l’équipe cherche surtout un accès aux parties inexplorées, lesquelles présentent au moins huit chambres funéraires, avec l’espoir de trouver des tombes intactes, témoignages inédits de l’inhumation extraordinaire de ces taureaux sacrés.

Auprès d’égyptologues passionnés, dont Vincent Rondot, directeur du département des Antiquités égyptiennes du musée du Louvre, et son adjointe Hélène Guichard, Frédéric Wilner (Il était une fois le musée du Louvre…, Toutankhamon, le trésor redécouvert) et Moataz Madi suivent pas à pas ce nouveau chantier franco-égyptien. Dans le mille-feuilles géologique du désert de Saqqara, les scientifiques et les ouvriers, conduits par un raïs expert, explorent les sous-sols de la nécropole. Éclairant les fascinants culte et rituels funéraires dont les taureaux Apis ont fait l’objet entre le XIIIe et le VIIe siècle avant J.-C., le film dévoile aussi les merveilles produites en l’honneur de ces animaux sacrés, comme ces stèles couvertes de hiéroglyphes et ces statues de serviteurs funéraires, exigeant des soins minutieux lors de leur exhumation. Un savant et fabuleux voyage en Égypte, au temps des pharaons.