En 1560, un corps expéditionnaire espagnol quitte les Andes péruviennes pour l'Amazonie. Objectif : le fabuleux empire de l'Eldorado. Mais la zone est marécageuse et les fièvres déciment les troupes. Le chef, don Pedro de Ursua, et son commandant en second, don Lope de Aguirre, s'engagent sur un affluent de l'Amazone. Les conquistadors sont une quarantaine, répartis sur trois radeaux. Si leur mission officielle est de trouver des vivres et un itinéraire, Aguirre a une autre idée en tête : il veut découvrir tout seul le fabuleux pays de l'or, devenir l'égal d'un Cortez et fonder une dynastie. Pour parvenir à ses fins, il destitue Ursua et nomme à sa place Guzman, qui devra être à sa botte. Mais les tensions internes et les rivalités ne sont pas les seuls dangers...

"J'étais Aguirre"
Kinski accepte de tourner Aguirre alors que Herzog lui propose trois fois moins d'argent qu'un obscur réalisateur de western. Mais une fois sur place au Pérou, la jungle amazonienne fascine l'acteur et le tournage en devient presque accessoire. Herzog n'apprécie guère… Kinski le traite de Hitler, menace de le jeter aux piranhas et avoue après coup : "On s'est disputés jusqu'aux limites du ridicule. C'était un peu infantile, mais je ne pouvais pas faire autrement ! J'étais Aguirre…" L'acteur se surpasse en effet et dévoile tout son génie. Le rôle semble fait sur mesure : la mégalomanie, la folie poussée à l'extrême, l'autodestruction, la fascination incestueuse pour sa fille représentent autant de thèmes qui hanteront chacun de ses rôles.