En réaction au débarquement anglo-américain en Afrique du Nord, l’armée allemande envahit la zone sud le 11 novembre 1942. Début 1943, Libération-Sud, Combat et Franc-tireur fusionnent au sein des MUR (Mouvements unis de la Résistance), dirigés par Jean Moulin. En février, sous la pression de Hitler, qui manque de main-d’œuvre, Laval signe une loi instaurant le Service du travail obligatoire (STO). Les réfractaires au départ se réfugient dans les maquis, souvent aidés par les populations locales. Alors que les Alliés lui préfèrent le général Giraud, de Gaulle doit maintenant unifier l’ensemble de la résistance intérieure pour asseoir sa légitimité. Pierre Brossolette est chargé d’inventorier et de coordonner les mouvements de la zone nord. Malgré de vives oppositions, le Conseil national de la résistance (CNR), présidé par Jean Moulin, voit le jour aux forceps en mai 1943. Regroupant les grandes organisations des deux zones, la CGT et la CFTC, ainsi que six partis politiques, le CNR réclame l’instauration d’un gouvernement provisoire à Alger sous la présidence du général de Gaulle. Dans le même temps, les combattants de l’ombre, traqués, subissent de lourdes pertes : le général Delestraint, chef de l’Armée secrète, est arrêté et déporté. Le climat de méfiance et de rivalité qui règne au sein de la Résistance favorise par ailleurs la chute de Jean Moulin, arrêté le 21 juin près de Lyon.